Johann sprühte geradezu von Ideen, so daß er - trotz seines Kontrakts mit l'Hospital - einen großen Bekanntheitsgrad erlangte. Auch wurde dem Marquis allmählich bewußt, daß es nicht gut gehen konnte, wenn er "einen Löwen vor seinen Wagen spannt". Daher unterstützte er im Jahr 1695 Huygens Bemühungen, Johann für eine sehr gut dotierte Professur für Mathematik und Botanik an der Universität Groningen zu gewinnen. Der Ruf erreichte Johann Bernoulli im Juli 1695, dem Sterbemonat von Huygens.

Johann zu gewinnen, das war einfach. Aber die Familie machte wieder große Schwierigkeiten. Schwiegervater und Frau waren strikt dagegen, zumal am 27. Januar 1695 das erste Kind Nikolaus auf die Welt gekommen war. Schließlich drohte Johann, auch allein nach Groningen zu gehen. Diese Entschlossenheit zeigte Wirkung, seine Frau willigte ein.

Am 1. September 1695 trat die Familie die lange Reise in die Niederlande an, zur damaligen Zeit wirklich keine einfache Angelegenheit. Die Strecke von Basel nach Frankfurt wurde in einer Kutsche zurückgelegt. Diese Fahrt war nicht ungefährlich, da sie durch Kriegsgebiet verlief. Denn noch immer tobte der Pfälzische Erbfolgekrieg. Von Frankfurt ging es weiter per Schiff bis Nijmwegen, dann mit der Kutsche bis Utrecht und wieder mit dem Schiff bis Amsterdam. Hier erreichte Johann ein Ruf an die neugegründete Universität Halle, den Leibniz vermittelt hatte. Johann lehnte ab, und die Familie bestieg für die letzte Reiseetappe wieder ein Schiff. Am 22. Oktober trafen die Bernoullis in Groningen ein.

Die feierliche Einführung in sein Amt fand am 28. November statt. Unter dem Klang von Trompeten zog der neue Professor, geleitet vom Vizekanzler, in die Universitätskirche ein. Die Antrittsvorlesung trug den Titel In Laudem Matheseos. Mit 28 Jahren war Johann Bernoulli in der mathematischen Welt angesehen und anerkannt, er hatte nun auch eine gesicherte Stellung mit einem sehr guten Gehalt. Zehn Jahre sollte er in Groningen bleiben.